21世紀、かつて地球を救った“伝説超人（レジェンド）”の息子たち、“新世代超人（ニュージェネレーション）”の前に、伝説超人の抹殺を目論む、“時間超人”が現れた…。暗殺のため、まさに伝説超人の活躍した時代、20世紀へとタイムスリップした時間超人。急遽、新世代超人・キン肉万太郎たちも、時空船（タイムシップ）を造船し、追いかけたのだが――!?