“アクロの心臓”の封印に失敗した叶太輔（かのう・たいすけ）と手塚由紀恵（てづか・ゆきえ）たちは、いったん普通の生活に戻った。そんな中、行方不明の恵（めぐみ）から手紙が。現在、勝又（かつまた）と“御霊（ミタマ）”と一緒に暮らしているという。場所はわからないながら、生きていることがわかりホッとする太輔。しかし、日本を離れた“心臓”は、勝又の送り込んだ能力者によって、空母ごと海に沈められた！　心臓を追い、再び集結する手塚家と太輔たちは南に向かう！